Az intézet feladata biológiai alapok és ismeretek biztosítása a fenntartható halászat és haltenyésztés fejlődéséhez, vízi erőforrás gazdálkodás; akvakultúra rendszerek; öntözéses gazdálkodás szaktanácsadás a halászat, az akvakultúra és az öntözés területén, tenyészanyag értékesítés.

A HAKI tevékenységének három alappillére: 1. multidiszciplináris kutatás fenntartható termelési rendszerek fejlesztése érdekében, nemzetközi együttműködés keretében; 2. kutatási eredmények gyakorlati elterjesztése, információ áramlás elősegítése gyakorlat és kutatás között; 3. részvétel fejlődő országok lakossága életkörülményeinek javítására irányuló nemzetközi projektekben.

A cég mottója: \"Kutatás, fejlesztés, oktatás és szaktanácsadás vízi erőforrásaink felelősségteljes hasznosítása és védelme, az egészséges táplálkozás fejlesztése érdekében.\"