Ugyanakkor felelőtlen elhelyezése, nem szakszerű hasznosítása sok környezetvédelmi gond forrása lehet (talajszennyezés, a talajban a NO3-N felhalmozódása, a talaj tömörödése, levegőzöttségének káros megváltozása).

A környezetszennyezési gondok mellett viszont jóval kevesebbet hallani arról, hogy a zárt vagy rosszul szellőztetett istállókban a hígtrágya, de főleg a hígtrágya-kezelési munkák során felszabaduló mérgező gázok (mindenekelőtt a szabaddá váló kénhidrogén – H2S) milyen súlyos mérgezéseket okozhat. 500-700 ml/m3 koncentráció fölött már mérgező hatású, ismételt belélegzése kezdetben fejfájáshoz, később eszméletvesztéshez, szélsőséges esetben akár fulladásos halálhoz is vezethet. A kénhidrogén fehérjék rothadásakor keletkezik. (Lehet vulkanikus eredetű is –„büdösbarlang”. Lásd Sántha Ferenc tragikus hangvételű novellája. Szerk.)  A gáz mérgező hatását a tüdőn keresztül és a nyálkahártyákon át fejti ki.

A hígtrágya kezelése során folyamatosan metán és ammónia szabadul fel, ellenben a kénhidrogén oldott formában („alattomban”) a hígtrágyában marad, s csak a trágya  mozgatásakor (keverés, ki- vagy átszivattyúzás) szabadul fel. Istállókban a rácspadozat alatti részek megmozgatásával az alatta lévő hígtrágyából nagy koncentrációjú gáztömeg hírtelen felszabadulva – az előbbiekben ismertetett módon ­– igen mérgező hatást vált ki. Magas hőmérsékleten a gázok felszabadulása felerősödik, sőt, a takarmányozás jellege (pl. gazdag fehérjetartalmú takarmányok etetése) is befolyásolja a kénhidrogén felszabadulásának mértékét.

Az istállókban való hígtrágya-tárolást mindezek miatt kerülni kell, de ha mégis bent történik a tárolás, alapos szellőztetésről kell gondoskodni. Legjobb persze a hígtrágyát az istállón kívül tárolni. De a várható egészségügyi károsodások mellett még az is előfordulhat, hogy a kiszivattyúzáskor a hígtrágya-gázokból olyan gyúlékony gázkeverékek válnak szabaddá, melyek akár robbanások okozói is lehetnek. Mindezekkel a hígtrágya kezeléssel, tárolással foglalkozóknak, de egyáltalán az istállókban dolgozóknak tisztában kell lenniük.