Az alapprogram célja a különböző környezet- és természetkímélő módszerek széles körű elterjesztése a szántóföldi növénytermesztésben, a gyepgazdálkodásban, valamint az erózió elleni védekezés, alternatív növények termesztésének, továbbá a hagyományos, extenzív gazdálkodási módszerek megőrzésének elősegítése. A célprogram intézkedései a gazdálkodók széles körének teszik lehetővé, hogy a környezetkímélő módszereket alkalmazzanak viszonylag egyszerűen és hatékonyan.

Magyarország értékes gyepterületeinek természetvédelmi szempontokat figyelembe vevő hasznosításának támogatásával fontos füves élőhelyek megőrzése válik lehetségessé. A különféle gyeptípusok ökológiai igényéhez igazodó gazdálkodás segíti a Natura 2000 programba sorolt területek megőrzését is. A program szerint gyenge adottságú szántóterületek egy jelentős részén elő kell segíteni az értékes, fajgazdag gyepterületek kialakítását, ilyen gyepek telepítését.

A talajt sújtó degradációs folyamatok elleni védekezés minden gazdálkodó feladata az agrár-környezetgazdálkodási program keretében. Ennek érdekében a víz és szélerózió megfékezését szolgáló, általánosan alkalmazható agrotechnikai módszerek elterjesztését is fontos célként fogalmazták meg a program készítői. A különböző talajtípusok úgynevezett leromlása ellen sokat tehet a gazdálkodó, ha a talajszerkezetet kímélő, védő talajművelési módszereket használ. Ezek széles körű elterjedése igen kívánatos a szakértők szerint.

A gyengébb adottságú területeken új alternatívákat kínálhat az úgynevezett méhlegelő célú növénytermesztés, továbbá a különböző energiacélú növények termesztése. Egyebek mellett természetvédelmi célokból (Natura 2000 program) kiemelt jelentőségű a hazai vizes élőhelyek megfelelő kezelésének, hasznosításának támogatása. Továbbá a sérülékeny vízbázisok védőterületén és vízfolyások parti sávjában lehetőség lesz a hosszú távú környezetvédelmi célú területpihentetésre is.

Nagyon fontos a korábbi évszázadokban kialakult hagyományos, extenzív gazdálkodási rendszereink megőrzése, így a tanyás és az ártéri gazdálkodási módszerek továbbélésének biztosítása. Ehhez kapcsolódik a Magyarországra régen, hagyományosan jellemző, ma azonban már ritka állatfajok tartásának, valamint az ugyanilyen szántóföldi növények termesztésének, és az úgynevezett szórványgyümölcsösök megőrzésének a támogatása.

Az uniós forrásokkal támogatott agrár-környezetgazdálkodási forrásból sikerült megötszörözni a Magyarországon környezetbarát módon megművelt területek nagyságát. Ezek a mezőgazdaságilag hasznosított földek 25 százalékát teszik ki. Ezzel az aránnyal hazánk az uniós országok között jelenleg a hetedik helyen áll.

Az agrár-környezetgazdálkodási terület- illetve állatlétszám alapú támogatást az a gazdálkodó veheti igénybe, aki megfelel az egyes célcsoportok jogosultsági feltételeinek és a teljes támogatási időszak alatt gazdaságának teljes területén betartja a helyes gazdálkodási gyakorlat előírásait.